ধর্মের জন্য জীবনবাজী রাখা এবং দেশে ইসলাম ভিত্তিক রাষ্ট্রব্যবস্থা প্রতিষ্ঠার প্রবক্তা আল্লামা শফীর হেফাজতে ইসলাম এখনা দ্বিধা বিভক্ত। ২০১৪ সালে নির্বাচন কেন্দ্রীক  আহমদ শফীর সাথে সরকারের এক আপস-রফা হয়েছিল। প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনাকে আল্লামা শফী কওমী জননী হিসেবে আখ্যায়িত করে। তখন থেকেই হেফাজতে ইসলামে সরকার পন্থী এবং সরকার বিরোধীদের মধ্যে মতভেদ চলছিল। হেফাজতে ইসলামের প্রতিষ্ঠাতা মহাসচিব জুনায়েদ বাবু নগরী সরকার বিরোধী হিসেবে পরিচিতি পায়। আল্লামা শফীর জীবদ্দশায়ই এই বিরোধ তুঙ্গে উঠেছিল। শফী ও তার ছেলে আনাস মাদানী ক্ষমতার দ্বন্দ্বে পদচ্যুত হয়। এই বিরোধের জের হিসেবে গত ১৫ নভেম্বর জুনয়েদ বাবু নগরীর নেতৃত্বে হেফাজতে ইসলামের নতুন কমিটি নির্বাচিত হয়েছে যেখানে আনাস মাদানীর অনুসারীরা স্থান পায়নি। এরা ধর্মের দোহাই দিয়ে জনগণকে মোহগ্রস্ত করে রাখলেও তাদের দ্বন্দ্ব বিভক্তির মূলে রয়েছে ক্ষমতার দ্বন্দ্ব।